Das Gutenberg Forschungskolleg (GFK) wurde 2007 pilothaft als zentrales strategisches Instrument zur Förderung der Spitzenforschung an der JGU gegründet. Es ist mit einem Etat von zwei Millionen Euro pro Jahr ausgestattet, die zu gleichen Teilen vom Land Rheinland-Pfalz und von der JGU aufgebracht werden. Das Leitungsgremium des GFK wird von exzellenten Forscherpersönlichkeiten der JGU und außeruniversitärer Forschungsinstitute gebildet. Die Präsidentin oder der Präsident der JGU beruft sie im Einvernehmen mit dem Senat auf der Basis ihrer individuellen Forschungsleistung. Das GFK hat zwei Funktionen: Es berät das Präsidium und den Senat in strategischen Fragen der Forschung und fördert individuelle Exzellenz durch Vergabe von Fellowships für herausragende Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler sowie Künstlerinnen und Künstler.
GFK-Fellows können in der Regel von Aufgaben in der Lehre und der Selbstverwaltung befreit werden und sich somit intensiv der Forschung widmen. Dieses Förderinstrument ist nicht auf die Profilbereiche der JGU beschränkt, hat sich jedoch als sehr erfolgreich bei deren gezielter Unterstützung erwiesen und stärkt die Konkurrenzfähigkeit der JGU im Wettbewerb um die besten Köpfe.