Hochschulen erbringen klassischerweise neben nicht-wirtschaftlichen Leistungen (z. B. der Ausbildung von Studierenden) auch wirtschaftliche Leistungen (z. B. Auftragsforschung für Dritte). Daher muss die Universität diese beiden Geschäftsfelder bezüglich Kosten und Finanzierung eindeutig voneinander trennen, um nachzuweisen, dass keine Quersubventionierung erfolgt. Das Ziel der dafür erforderlichen Trennungsrechnung ist es, im Jahresabschluss den Nachweis zu erbringen, dass öffentliche Mittel nicht zur Subventionierung wirtschaftlicher Tätigkeiten eingesetzt wurden.
Hintergrund
Zum 01.01.2007 ist der EU-Gemeinschaftsrahmen für staatliche Beihilfen für Forschung, Entwicklung und Innovation in Kraft getreten. Damit fallen Forschungseinrichtungen unter das Beihilferecht, sobald diese nicht-wirtschaftliche und wirtschaftliche Tätigkeiten ausüben. ... 
Umsetzung der Trennungsrechnung an der Universität Mainz
Die Durchführung der wirtschaftlichen Tätigkeit darf erst nach Genehmigung durch den Präsidenten auf der Grundlage der eingereichten Unterlagen vereinbart und begonnen werden.
Vor Projektbeginn muss ein Drittmittelkonto bei der Abteilung Finanzen und Beschaffung (FIN 5) eingerichtet werden. Dafür müssen Sie folgende Unterlagen vorlegen: ...
Während der Projektdurchführung. Die Universität hat im Rahmen ihres Jahresabschlusses zu belegen, dass es bei wirtschaftlichen Projekten zu keiner Subvention durch den Landeszuschuss gekommen ist. Mitarbeiter und Mitarbeiterinnen, die aus Landesmitteln finanziert werden, müssen deshalb ihre Arbeitszeit in wirtschaftlichen Projekten eindeutig erfassen. Dies ist nur durch Zeitaufschriebe möglich. ...
Nach Abschluss des Projektes. Zum Nachweis, dass kostendeckend gearbeitet wurde, muss jährlich und nach Abschluss des Projektes eine Nachkalkulation unter Berücksichtigung der angefallenen Kosten sowie der tatsächlich im Projekt geleisteten Stunden erstellt werden. ...